In antieke Japan was daar 'n konstante oorlog tussen twee kerms van krygers - Samurai en Ninja. Jy in die spel Ninja Runner sal veg aan die kant van die Orde van Ninjas. Jou karakter het 'n bevel van die hoof van die bevel ontvang om verkenning in een bos te doen, waar die samurai-afsettings kan wegsteek. Jou held het moedig in die bos gedompel en langs die pad gehardloop. Baie gevare en valle wag vir hom op sy pad. Jy beheer jou karakter sal hom moet laat spring en nie in hierdie valle val nie. As jy oor vyandige soldate kom, moet jy hulle almal met behulp van 'n swaard vernietig. Versamel net die verskillende items wat in sy pad val.
