Die vreemdeling se skip het iewers in die woestyn op die verre en onbekende planeet Aarde neergestort. Die vreemdeling het nie beplan om op ons planeet te land nie, maar sy skip het beheer verloor van 'n botsing met 'n meteoriet en neergestort. Die vlieënier het daarin geslaag om te oorleef, maar sy val het nie ongemerk verbygegaan nie. Radars en satelliete het 'n onbekende voorwerp opgespoor en helikopters het dadelik na die ongeluksplek gevlieg. Die vreemdeling moet ontsnap; hy wil nie 'n voorwerp vir eksperimentering word nie. Help hom om vinnig te hardloop en behendig oor kaktusse en ander hindernisse te spring en munte te versamel. Van tyd tot tyd sal jy deur 'n helikopter ingehaal word en met missiele in Alien Runner geskiet word.
