Die mees verskillende heelalle, een na die ander, word gevang deur monsters Skibidi-toilette. Mario volg die nuus noukeurig en verstaan dat hulle vroeër of later by die Mushroom Kingdom sal uitkom. Hy het besluit om dit te voorkom en het na die gevange wêrelde gegaan om die skurke daar te vernietig. Hy het met 'n rede hierop besluit, ons held het lank in intelligensie gedien, alhoewel min mense daarvan weet, en het al die nodige vaardighede. Die held sal homself in die gebied bevind wat die Skibidi-monsters gevang het. ’n Loodgieter met spioenasievaardighede moet die area verken en probeer om alles so stil moontlik te maak. Volledige stilte kan egter nie bereik word nie. Beheer sy beweging met die pyle. Op die pad sal daar struikelblokke wees waaroor jy moet spring. Botsings is onvermydelik en dit is die moeite werd om vooraf daarvoor voor te berei om vanuit die gerieflikste posisie aan te val. Die uwe sal nie wapens kan gebruik nie, want harde skote sal onnodige aandag na sy persoon trek. Neem deel aan hand-tot-hand-gevegte met die vyand, slaan met die Z-sleutel en beweeg vorentoe in Super Spy Mario VS Skibidi Toilet. Elke voltooide vlak sal beloon word en jy sal Mario kan versterk.
