Die vrugte in Fruit Ninja is nie bedoel om as slaaie of net vir die pret geëet te word nie. 'n Klomp vrugte is deur die held van die ninja-speletjie versamel om nie sy vaardighede met 'n katana-swaard te verloor nie. Die held werk as 'n kok in 'n kafee, 'n paar jaar gelede het hy sy geboorteland verlaat nie uit eie vrye wil nie, maar wegkruip vir die plaaslike mafia. Maar die hande van die mafia is lank en hulle kan hom enige tyd vind, wat beteken jy moet voorbereid wees en opleiding is nodig. En aangesien daar geen spesiale sporttoerusting byderhand is nie, sal jy vrugte moet gebruik. Die assistent sal waatlemoene, piesangs, appels, kiwi's en ander vrugte gooi, en jy sal dit in Fruit Ninja sny.
