In Ben 10: Brains vs Bugs sal jy 'n snaakse groen alien moet help om sy ontvoerde vriende te bevry. Voor jou sal jou karakter sigbaar wees op die skerm, wat op 'n sekere plek geleë sal wees. Deur die beheersleutels te gebruik, sal jy sy optrede lei. Jou held sal op 'n sekere roete moet loop en verskeie lokvalle en ander gevare oorkom. Op pad sal hy goue munte en ander nuttige items insamel wat vir jou punte in die speletjie Ben 10: Brains vs Bugs sal bring en die karakter verskeie soorte bonusse kan gee. Jou karakter sal ook teen die goggas moet veg wat op sy pad sal afkom.
