Die held van die spel Ninja Assassin eis dat hy die ninja Assassin genoem word, hoewel hy in voorkoms min ooreenkomste met 'n wrede en genadelose moordenaar het. Boonop gaan hy regdeur die wedstryd niemand met 'n vinger raak nie. Sy taak is om al die goue sterre deur te gaan en te versamel. Jy kan die ninja help as jy by die speletjie aanmeld. Lei hom langs die pad sodat hy hope klippe vermy, groot strikke wat natuurlik vir 'n beer gestel is en allerhande vreemde veelkleurige wesens. Enige botsing met bogenoemde voorwerpe, beide lewende en nie-lewende, sal veroorsaak dat die ninja-veldtog eindig in Ninja Assassin.
