Twee hardlopers sal die baan in die Magic Run 3D-speletjie betree en jy sal een van hulle beheer om hom te help wen, en jou om die vlak te slaag. Jou held sal alleen deur die eerste vlak gaan, want jy moet gemaklik raak en verstaan hoe om op te tree en wat om te gebruik. Wanneer jy die volgende hindernis nader, klik op die held sodat hy magies transformeer en dit maklik verbysteek. In een geval sal hy krag nodig hê, en in die ander behendigheid. Om hoë mure te klim of onderstebo te hardloop. Nadat jy die opleidingsvlak geslaag het, sal jy gereed wees vir die kompetisie en dan nie gaap in Magic Run 3D nie.