Agente van die Matrix het Neo in 'n lokval gedryf en nou sal hy die stryd moet vat. In Mr One Punch sal jy hom help om alle teenstanders te verslaan en agtervolging te ontsnap. Jou karakter sal sigbaar wees op die skerm voor jou, wat op 'n sekere plek sal wees. Agente sal hom van alle kante aanval. Deur die vaardighede van die held in verskillende style van hand-tot-hand-gevegte te gebruik, sal jy op hulle moet toeslaan. Aangesien daar baie teenstanders is, probeer om hulle met een hou uit te slaan. Elke vyand wat jy in Mr One Punch verslaan, sal jou punte verdien.