Dit lyk asof die sampioen koninkryk nie so groot is nie, en tog het daar soveel vullis opgehoop dat dit nie meer op 'n spesiaal aangewese stortingsterrein pas nie. Die koning het besluit om alles in die see te gooi, maar Mario is heeltemal daarteen. In Super Mario Transporter is hy van plan om persoonlik alle afval weg te neem van sy geboorteland, waar dit vernietig of herwin sal word. Hiervoor het die held verskillende soorte vragmotors en ander skepe voorberei. Maar iemand moet die held help om die afvoerkleppe oop te maak. Afval kan nie verwar word nie, dit het verskillende kleure en moet by die kleur van die houer pas. Waar gaan jy hulle gooi? Maak die kleppe oop en moenie vloeistowwe in Super Mario Transporter meng nie.
