In 'n verre wonderlike wêreld leef wesens soos Pokémon. Hulle word verdeel in groepe wat natuurgeeste aanbid. Eendag het aanbidders van die geeste van vuur en water 'n ritueel uitgevoer en hierdie goddelike entiteite in hierdie wêreld ontbied. Maar dit was baie bose geeste en het buite beheer geraak. Nou is die hele planeet in chaos en daar vind voortdurend natuurrampe plaas. U moet in die spel Pokémon Emerald Version veg. Voor u op die skerm sien u 'n sekere gebied waarin u karakters sal wees. Hulle sal byvoorbeeld die gees van Vuur aanval. U sal hul optrede rig met behulp van 'n toegewyde beheerpaneel. Met die hulp sal u u Pokémon dwing om verskillende towerkunste toe te pas waarmee hulle hul teenstander sal benadeel.