Bo 'n kolonie aardbewoners, wat op een van die planete geleë is, het vreemde veelkleurige borrels verskyn. Dit blyk toe dat hulle gevul is met gif. Geleidelik sak hulle neer op die kolonie aardbewoners. In die spel Bubble Planets sal u almal moet vernietig. Hiervoor gebruik u 'n spesiale kanon. Sy sal enkele aanklagte skiet wat ook 'n sekere kleur het. U moet al die borrels deeglik ondersoek en 'n plek vind waar sekere voorwerpe saamgevoeg is. Dit moet dieselfde kleur hê as u aanklag. Daarna sal u 'n skoot afvuur. Die kern wat 'n groep voorwerpe tref, sal dit ontplof en u sal 'n sekere aantal punte hiervoor kry. U taak is om die speelveld so gou as moontlik van alle borrels te verwyder deur hierdie aksies uit te voer.
