Die dapper ninja vegter het die grondgebied van die vyand binnegekom. U held moet geheime dokumente van die kasteel van een van die aristokrate steel. Julle in die spel Ninja Runner sal die ninja-oorlog moet help om dit in integriteit te bereik. Jou held sal op 'n sekere roete langs die pad hardloop. Daar is verskillende hindernisse en mislukkings. U sal moet doen sodat hy oor al hierdie gevare spring. Onderweg, probeer om verskillende voorwerpe en goue muntstukke wat oral versprei is, te versamel.