Sodra die heilige hekke reeds toegesluit was, het bose geeste nie die hoop laat vaar om hul pad weer te gee nie en het hulle na baie jare daarin geslaag. Hierdie keer het hulle 'n portaal op Mars geopen in die hoop dat mense dit nie dadelik kon vind nie. Maar Mars is reeds gekoloniseer, talle biologiese laboratoriums het daarop gevestig, en 'n massa wetenskaplikes het gewerk, almal is onderworpe aan die wrede aanval van monsters. Jou veegspan moet die monsters in Doom 3 vernietig, en jy hoef nie ondervinding op te doen nie. Gaan na die rooi planeet en wees versigtig, die monsters het slimmer en sterker geword.
