In antieke Japan was daar 'n militêre bevel wat gespesialiseer het in spioenasie en moord op verskeie mense. Hulle is ninjas genoem. Baie oorloë van die Orde was in die geheime diens van die Keiser van Japan. Vandag in die spel Flight Of The Ninja, sal ons een van hulle help in die uitvoering van 'n geheime missie. Jou held moet in die bewaakte kasteel, wat op 'n berg staan, betree. Om dit te doen, moet hy die blote mure wat gevul is met velle, klim. Jou held met spesiale hake sal die muur deeglik klim. Sodra hy die lokval bereik, sal hy op die skerm moet druk om hom te spring en na 'n ander muur te spring.
