Vreemde skepe besoek in die geheim ons planeet en nie om die lewens van mense te bestudeer nie, maar om 'n heel ander rede. Daar was reeds baie gevalle van ontvoering van koeie en hulle het nie teruggekeer nie. Die heldin van die Cow Cow Run-spel is die koei. Dit is baie bang dat sy ook ontvoer sal word. En haar bekommernisse, soos dit blyk, is nie ongegrond nie. Jy moet haar verlosser in ons spel wees. Die taak is om rond te loop. Versamel bundels hooi en sny nie met uitheemse vreemdelinge nie. Beheer die diere met die hulp van pyle en maak seker dat dit nie in die netwerk van ontvoerders val nie.