In die afgelope gedeelte van die storie, Batman, selfs al het hy die Joker gevind, het hy hom nooit geduik en sy tuisdorp Gotham van hierdie monster vrygelaat nie. Die monster het daarin geslaag om in die donker weg te steek en nie meer sy teenwoordigheid op te spoor nie. In Batman: Revenge of the Joker vind die superheld spore van die misdadiger wat na die militêre laboratorium lei. Nadat hy die geheime onderneming binnegedring het, soek hy die kamer totdat die Joker uit die wegkruip kom. Nou moet jy uiteindelik die teëstander straf of hom heeltemal en onherroeplik uit die dorp uitstoot. Probeer Joe se sterkste houe, wat aan Batman gegee word en laat nie die nederlaag toe nie.